El área de navegación del Puerto corresponde al conjunto de dársenas y canales de acceso para la en ingreso, salida y maniobras dentro de la dársena de Ciaboga donde se encuentra emplazado el Puerto de Topolobampo. Consta de canal principal de acceso con longitud de 22.22 km, canal secundario con longitud de 4.5 km, dársenas de ciaboga sur, central y norte con diámetros de 500 m cada una, cuanta también con dársena pesquera de 150 m de diámetro, dársenas pesqueras, de operativas de uso común y de aproximación.